当违法占用耕地建设的房屋或设施已然建成，既成事实的形成并不意味着法律责任的免除，反而使问题进入了一个更为复杂且必须依法处置的阶段。面对此类情况，相关当事人、权利主体及行政机关均需在现行法律框架内，审慎寻求解决之道，其核心在于平衡耕地保护红线与既有事实的处置。
必须明确的是，违法占用耕地进行建设，严重违反了《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》等法律法规。法律对耕地，特别是基本农田实行特殊保护，原则上禁止任何非农化建设。“已建成”状态并不能将违法行为合法化，相关建筑在法律上通常被定性为“违法建筑”。
对于违建行为人而言，首要步骤是立即停止一切后续的违法建设行为，避免损害后果进一步扩大。随后，应主动配合自然资源主管部门等行政机关的调查。行为人有权进行陈述和申辩，但同时负有提供相关证据、说明情况的义务。在此过程中，行为人可以审视自身行为是否存在部分可斟酌的情节，例如是否涉及历史遗留问题、是否对周边生态环境的实际损害程度相对有限等，但这些均不能成为豁免主要法律责任的理由。
从行政机关的执法角度出发，处理已建成的耕地违建，需遵循“依法依规、分类处置”的原则。执法程序通常包括立案调查、现场勘测、认定违法事实、听取当事人陈述申辩、作出并送达行政处罚决定等环节。对于确属违法且无法采取改正措施消除对规划实施影响的，依据《土地管理法》第七十七条及第七十八条的规定，行政机关应当作出责令限期拆除、恢复土地原状的处罚决定；如果违建符合国土空间规划且可以通过补办手续或改正措施部分纠正，理论上存在“没收实物或违法收入并处罚款”的可能性，但鉴于耕地保护的极端重要性，特别是涉及基本农田的违建，适用“拆除并复垦”是更普遍和严格的法律要求。
如果当事人在法定期限内不申请行政复议或不提起行政诉讼，又不履行拆除义务的，作出处罚决定的行政机关可以依法申请人民法院强制执行。这意味着，即便违建已经建成，最终仍可能面临被强制拆除的法律后果。
对于违建所占土地的集体所有权人或原承包经营权人，其有权要求侵权行为人停止侵害、恢复原状并赔偿损失。他们可以向行政机关举报，也可以直接向人民法院提起民事诉讼，维护自身的合法土地权益。
若违建行为涉嫌触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，达到“数量较大，造成耕地大量毁坏”的立案标准，还将被依法追究刑事责任，面临徒刑、拘役或罚金。
面对占用耕地违建已建成的局面，任何侥幸心理都是不可取的。最根本的出路在于尊重法律、正视问题。行为人应主动配合处理，争取将损失和负面影响降至最低；执法机关则须坚守耕地保护底线，严格依法行政，确保每一寸耕地得到切实保护。这既是对国家粮食安全战略的维护，也是对法治社会基本秩序的捍卫。全社会应由此案例加深认识，彻底杜绝未批先建、占用耕地的违法行为，从源头上守护宝贵的耕地资源。